Dies sind Kontinuitätsunterbrechungen auf verschiedenen Abschnitten des Darmtraktes. Je nach Lokalisation werden die Atresien früher oder später auffällig. Die Diagnose wird dann mit Kontrastmittelstudien gestellt. Die operative Korrektur beinhaltet eine Resektion und anschließende Anastomose (Kontinuitätswiederherstellung) der Atresie. Dies ist meist minimal-invasiv assistiert möglich. Analatresien sind häufig assoziert mit weiteren Fehlbildungen im sogenannten VACTERL-Syndrom.